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连锁分析芯片是进行疾病连锁分析的最佳工具，目前有人类及小鼠共4款芯片可选择。

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小鼠全转录本表达谱芯片，约有4个探针来针对每个外显子 / 约有40个探针来针对每个基因，覆盖经验性及预测的外显子序列，约1000000个外显子。可用于基因表达和可变剪切分析。

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细胞周期甲基化PCR芯片用于研究参与细胞周期调控的22个关键基因的启动子甲基化状态。利用这个芯片分析细胞或新鲜组织基因组DNA样本可能有助于关联CpG岛甲基化状态与生物表型。

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